Nieuws

Alternatieve CRISPR-knipper

Arjen Dijkgraaf |
Geneeskunde & Immunologie, Genetica & Sequencing, Proteomics

CRISPR-Cpf1 zou zomaar de opvolger van CRISPR-Cas9 kunnen worden. Het knipt op plekken waar je eerder niet kon komen en is veel kleiner, zodat je het makkelijker een cel binnensmokkelt. Om het te demonstreren hebben Eric Olson en collega’s van het University of Texas Southwestern Medical Center laten zien dat je er in principe de ziekte van Duchenne mee kunt aanpakken, schrijven ze in Science Advances.

Zo’n verbeterd knipgereedschap is vooral een kwestie van zoeken. CRISPR is in wezen een bacterieel afweersysteem tegen bacteriofagen oftewel bacterievirussen die ‘vreemd’ DNA naar binnen proberen te pompen. Het bestaat uit een bibliotheek van virale DNA-fragmenten en één of meer  knipeiwitten die DNA, dat aan de beschrijving voldoet, zo snel mogelijk vernietigen. Die knipeiwitten verschillen per bacteriegeslacht; Cas9, een variant uit onder meer Streptococcus pyogenes, geldt tot nu toe als de meest handzame tool voor laboratoriumdoeleinden maar dat wil niet zeggen dat de natuur echt niets beters meer heeft te bieden.

Bijvoorbeeld Cpf1, dat onder meer te vinden is in Prevotella-, Francisella, Lachnospiraceae- en Acidaminococcus-soorten en vorig jaar voor het eerst in de discussie opdook. Om te beginnen is het ruwweg 140 aminozuren korter dan Cas9. Om zo’n eiwit in een cel te krijgen moet je de genetische code monteren in een virus dat daar maar een zeer beperkte ruimte voor heeft; met Cas9 ging dat soms maar net, met Cpf 1 is het heel wat minder wringen.

Bovendien heeft Cpf1 een aantal kniptechnische voordelen: het hecht het beste aan DNA-fragmenten die rijk zijn aan thyminebasen terwijl Cas9 juist guaninerijke stukken nodig heeft (wat dat betreft vullen beide knipeiwitten dus elkaars mogelijkheden aan) en het verknipt beide DNA-strengen niet bij hetzelfde basenpaar maar verschuift één knip een beetje, wat de voorkeur heeft voor DNA-reparatiemechanismes.

Last but not least is er geen ruzie over de octrooien, zoals bij Cas9. Alleen ontbrak tot nu toe het bewijs dat je met Cpf1 ook daadwerkelijk fouten uit zoogdierengenen kunt halen.

Olson en collega’s hebben het nu aangetoond door dystrofinegenen op twee manieren (reframing en exon skipping) te ontdoen van enkele veel voorkomende veroorzakers van de ziekte van Duchenne. Dat deden ze zowel in bevruchte eicellen van gemodificeerde muizen als in kweekjes van gedeprogrammeerde iPSC-stamcellen van menselijke patiënten. In beide gevallen deed CRISPR-Cpf1 wat het moest doen; dat duchenne er slechts gedeeltelijk door wordt verholpen ligt niet aan de kwaliteit van het knipwerk, maar meer aan het feit dat je bij deze strategie altijd incomplete genen overhoudt.

In hoeverre je hier ooit levende menselijke duchennepatiënten mee zult kunnen helpen, blijft onduidelijk.

Bron: UT Southwestern Medical Center

Deel deze pagina
C2W zoekt stagiairs!

Ben je geïnteresseerd? Neem een kijkje wat we je kunnen bieden!

Ontvang de nieuwsbrief

Meld je aan voor de nieuwsbrief en blijf op de hoogte van het laatste nieuws van C2W.

Meld je nu aan!

Word abonnee/lid

Sluit nu een abonnement af of word lid van de KNCV en ontvang elke week het laatste nieuws, digitaal of op papier. 

Sluit nu een abonnement af!

Naar boven