Nieuws

Darmbacteriën tellen

Arjen Dijkgraaf |
Analyse & Labtechnologie, Geneeskunde & Immunologie, Microbiologie, Toxicologie

Niet alleen de samenstelling van de darmflora is bij ieder individu anders, ook het absolute aantal bacteriën kan sterk verschillen. Dat stelt de Leuvense hoogleraar Jeroen Raes, die een methode heeft ontwikkeld om ze te tellen.

De huidige analyses, op basis van sequencing, stellen alleen vast welke bacteriestammen aanwezig zijn en wat hun onderlinge verhouding is. In het kader van het Vlaams Darmflora Project hebben Raes en collega’s sinds 2012 poepmonsters van zo’n vijfduizend Vlamingen op deze manier gecatalogiseerd. Daaruit bleek dat je hun microbiomen globaal kunt indelen in vier duidelijk verschillende ‘enterotypes’.

Maar dat blijkt slechts een deel van het plaatje. In Nature beschrijft Raes een combinatie van flowcytometrie en kwantitatieve polymerasekettingreactie (qPCR), waarmee je ook het absolute aantal bacteriën in een vers of ingevroren poepmonster redelijk nauwkeurig kunt bepalen.

Om te beginnen levert dat protocol soms andere verhoudingen op dan de eerdere sequencingdata suggereerden. Het doet vermoeden dat bepaalde soorten daarbij iets gemakkelijker werden meegeteld dan andere. Vermeende getalsmatige relaties tussen niet-verwante geslachten, met name Bacteroides en Prevotella, komen hierdoor op losse schroeven te staan. 

Maar belangrijker is wellicht dat bij één en dezelfde proefpersoon het totale aantal cellen per gram poep de ene dag zomaar de helft groter kan zijn dan de volgende dag. En vergelijk je het microbioom van verschillende individuen die op grond van eerdere metingen hetzelfde enterotype leken te bezitten, dan kan het totaal een factor 50 verschillen.

Heel opvallend is dat lijders aan de ziekte van Crohn, een chronische darmaandoening, consequent zo’n getalsmatig uitgedunde darmflora lijken te hebben. Dat die ziekte wordt veroorzaakt door wildgroei van bepaalde soorten, met name Bacteroides, zou wel eens een misrekening kunnen zijn. Het is eerder zo dat de rest ontbreekt.

Minstens één andere publicatie lijkt hierdoor een uur vóórdat hij verscheen al op losse schroeven te zijn gezet - je moet maar pech hebben.

bron: VIB/KU Leuven

Deel deze pagina

Lableveranciers

Ontvang de nieuwsbrief

Meld je aan voor de nieuwsbrief en blijf op de hoogte van het laatste nieuws van C2W.

Meld je nu aan!

Word abonnee/lid

Sluit nu een abonnement af of word lid van de KNCV en ontvang elke week het laatste nieuws, digitaal of op papier. 

Sluit nu een abonnement af!

Naar boven