Nieuws

Genetici tellen hun knopen

Arjen Dijkgraaf |
Analyse & Labtechnologie, Genetica & Sequencing, Nanotechnologie

Trek DNA door een nanoporie en je kunt de kans bepalen dat er een knoop in zit. En dat is lang niet zo triviaal als het klinkt, schrijven Cees Dekker en zijn Delftse vakgroep in Nature Nanotechnology.

Anders dan je wellicht zou verwachten hebben ze het nadrukkelijk niet over knopen die te groot zijn en in de porie blijven steken, maar over kleintjes die er gewoon doorheen kunnen.

Hun experimenten zijn een variant op de pogingen om in een nanoporie de basenvolgorde van DNA te bepalen. Je lost het materiaal op in een zoutoplossing, trekt het door de porie en meet dan in feite de toename van de elektrische weerstand doordat het isolerende DNA de ionen in die porie verdringt.

In dit geval gaat het DNA zo snel door de porie dat je de signalen van de afzonderlijke basen niet uit elkaar kunt houden. Maar zolang het niet ál te snel gaat (volgens deze publicatie een kwestie van de zoutconcentratie opvoeren) zie je het wél als er een knoop in zit en er dus drie of meer stukken DNA tegelijk passeren.

Die knopen zijn een natuurverschijnsel, maar lang niet elk DNA-fragment raakt daadwerkelijk in de knoop. Het lukt de Delftenaren nu echter om proeven te doen met stukken DNA die dusdanig lang zijn, dat de kans op een knoop vrij groot wordt. De langste fragmenten waren tot nu toe 165.648 basenparen lang, en dan blijkt de kans ongeveer 80 % dat er een knoop in zit. Ter vergelijking: bij een stuk van 2.686 basen is die kans maar 0,2 %.

Uit de tijd dat het duurt eer de knoop door het gat is, kun je bovendien afleiden of hij strak getrokken zit of een beetje los zit. De meeste knopen blijken strak.

De kans lijkt klein dat in die volstrekt willekeurig optredende knopen het zoveelste epigenetische regelmechanisme verstopt zit. Maar je weet nooit of deze knopenkennis toch nog ergens goed voor is, behalve dan voor het bevredigen van de wetenschappelijke nieuwsgierigheid.

bron: Nature Nanotechnology

 

Deel deze pagina

Lableveranciers

Wat verdien jij? Doe mee aan het jaarlijkse Bèta Salarisonderzoek!

Ontvang de nieuwsbrief

Meld je aan voor de nieuwsbrief en blijf op de hoogte van het laatste nieuws van C2W.

Meld je nu aan!

Word abonnee/lid

Sluit nu een abonnement af of word lid van de KNCV en ontvang elke week het laatste nieuws, digitaal of op papier. 

Sluit nu een abonnement af!

Naar boven