Nieuws

Nanoporie wordt volwassen

Arjen Dijkgraaf |
Analyse & Labtechnologie, Genetica & Sequencing

Delftse onderzoekers hebben het DNA van de gist Saccharomyces cerevisiae door een nanoporie gehaald, en Leidse collega’s dat van de paling Anguilla anguilla. Hun publicaties op de preprintserver BioRxiv en in Scientific Reports laten zien dat de Engelse MinION-sequencers, waarmee sinds 2012 wereldwijd wordt geëxperimenteerd, stilletjes marktrijp beginnen te worden.

MinIONs trekken DNA door bacteriële porie-eiwitten en detecteren welke basen voorbij komen. Ten opzichte van de huidige sequencers hebben ze twee voordelen. Ten eerste analyseren ze veel langere DNA-fragmenten aan één stuk, zodat je minder hoeft te puzzelen om er weer een compleet genoom van te maken. Ten tweede zijn ze niet veel groter dan een usb-stick en als zodanig in een pc te pluggen, zodat je ze eventueel ook buiten het lab kunt gebruiken – Britse botanici lieten onlangs zien dat je er wilde planten mee kunt determineren.

In Delft hebben Thomas Abeel en collega’s er de populaire haploïde giststam CEN.PK113-7D mee gesequenced. Eerder gepubliceerde genenkaarten van deze stam vertoonden grote gaten: achteraf blijken 248 genen te zijn gemist. Dat ze als sjabloon het beter bekende genoom gebruikten van een andere stam, S288C, blijkt ook een minder goed idee te zijn geweest: Abeel laat zien dat de onderlinge verschillen veel groter zijn dan gedacht. Voor industriële processen op basis van gistcellen kan die ontdekking belangrijke consequenties hebben.

Het palinggenoom van Ron Dirks, Christiaan Henkel en collega’s bevat wat minder verrassingen. Het wordt vooral gebracht als bewijs waartoe de MinION allemaal in staat is in combinatie met de in Leiden ontwikkelde TULIP-assemblage­software. Het kostte drieënhalf uur om op een bescheiden pc een ruwe versie van het 860 miljoen basenparen tellende genoom in elkaar te zetten, en twee dagen om correcties uit te voeren. (AD) 

 

Deel deze pagina

Lableveranciers

Introducing the new Xevo TQ-GC

Consistent, high performance GC-MS/MS to surpass regulatory limits

Ontvang de nieuwsbrief

Meld je aan voor de nieuwsbrief en blijf op de hoogte van het laatste nieuws van C2W.

Meld je nu aan!

Word abonnee/lid

Sluit nu een abonnement af of word lid van de KNCV en ontvang elke week het laatste nieuws, digitaal of op papier. 

Sluit nu een abonnement af!

Naar boven