Branded content

BioBank AS stroomlijnt zijn gegevensbeheer voor het fokken van dieren op basis van genetische kenmerken


Thermo Fisher Scientific maakt biobank toekomstbestendig

Advertorial | maandag 13 januari 2020

De Platform for Science-software van Thermo Fisher zorgt voor verbeterde tracering voor complexe relaties tussen fokkers, eigenaren, dieren, monsters, voorraden en analyseresultaten, hogere efficiëntie dankzij geoptimaliseerde workflows, consolidatie van werklijsten en gemakkelijke gegevensinvoer, en eenvoudigere toegang tot informatie dankzij een cloudgebaseerde infrastructuur en intuïtieve navigatie van dieren naar ouders en broers en zussen.

BioBank AS is de nationale biobank van Noorwegen, die zich richt op het verzamelen en bewaren van monsters en het samenvoegen van testgegevens van dier- en plantensoorten, zoals het donordier-ID, de erfrelatie tussen donordieren, fokker, organisatie en opslagplaats en omstandigheden.

BioBank AS gebruikte voorheen haar eigen, verouderde systeem voor gegevensbeheer om genealogieën op te sporen, workflows op te zetten en biobank- en DNA-extractiegegevens te onderhouden. Wanneer sequentie-informatie werd teruggestuurd naar BioBank AS, genereerde het Oracle-systeem een rapport om de analyse van achttien markers en twee allelen voor ouderlijke verificatie af te ronden. Hoewel het Oracle-systeem lijnvergelijkingen kon maken, was het moeilijk en tijdrovend om ze op te slaan en aan monsters te koppelen.

Het team van BioBank AS kon de oude database niet langer onderhouden en ondersteunen, en vreesde dat deze zou bezwijken onder de druk van hun groeiende behoeftes. De organisatie wilde haar gegevensbeheerprocessen een vriendelijkere gebruikersinterface geven en bovendien de kans op fouten verkleinen. Ze hadden behoefte aan een volledig schaalbare oplossing die de grote, groeiende database van meer dan 60.000 ID’s zou kunnen ondersteunen.

Efficiëntie verbeterd

BioBank AS koos voor de cloudgebaseerde Core LIMS™-software van Thermo Fisher™, die draait op de Platform for Science-software. Daarmee kon de organisatie alle aspecten van haar activiteiten als biobank vastleggen en beheren en erover rapporteren. Deze oplossing werd gekozen omdat het platform kon worden geconfigureerd om aan de specifieke eisen van de organisatie te voldoen en omdat deze snel en betrouwbaar zou werken, zonder onderbreking van de databasedekking.

De Core LIMS-softwareoplossing werd geconfigureerd voor dierenworkflows, met inbegrip van de opname van monsters, aliquotering, locatietracering en DNA-extractie. Hierdoor werd de efficiëntie aanzienlijk verbeterd. Eigendoms- en afstammingskenmerken konden worden bijgehouden, evenals de biomarkers en verbanden die nodig zijn voor de stamboom. Continue gegevensuitwisseling tussen meerdere externe laboratoria, fokkers of andere partners is eveneens mogelijk. Bovendien fungeert het platform ook als een opslagplaats voor ruwe gegevens die verband houden met monsters, met inbegrip van DNA-sequenties en genotyperingsanalysebestanden.

Arne Simensen, systeembeheerder bij BioBank AS, licht toe: ‘Het Platform for Science biedt geweldige zoekmogelijkheden, en we waren in staat om gadgets te bouwen die meer specifieke zoekmogelijkheden konden ondersteunen.’ De kwalitatief hoogwaardige gegevens die de Platform for Science-oplossing mogelijk maakt, vormen ‘het hart van het bedrijf’, aldus Simensen.

Ga voor meer informatie naar: www.coreinformatics.com/solutions/biobanking
Dit artikel is aangeleverd door onze partner Thermo Fisher Scientific. Meer informatie? Stuur een e-mail naar Thermo Fisher Scientific: marketing.digitalscience@thermofisher.com